Hokkaido: 83.453 km2 (509 islas)

Honshu: 231.081 km2 (3.194 islas)

Shikoku: 18.788 km2 (626 islas)

Kyushu: 42.168 km2 (2.160 islas)

Okinawa: 2.271 km2 (363 islas)

Su superficie es el equivalente al de Alemania que tiene 360.000 km cuadrados. Comparado con la ARGENTINA, es el equivalente a la de la provincia de Buenos Aires (307.571 km cuad.) y la de Entre Rios (78.781 km cuad.), juntos.

Para tener una dimensión territorial comparado con otros países:

Estados Unidos: 9.3 millones de km2.

Canadá: 9.9 millones de km2

Brasil: 8.5 millones de km2

ARGENTINA: 2.7 millones de km2

Francia: 550 mil km2

Reino Unido: 240 mil km2

Del total de la superficie, el 53.5 % es área montañosa. Desde el punto de vista del uso y aplicación, apenas el 13 % es área cultivable para la agricultura y el 67% son bosques. La prefectura que mayor superficie boscosa tiene es Kochi con 83.4% (luego le sigue Gifu con el 80%. De las 47 prefecturas, 18 tienen más del 70% de la superficie con bosques). Por otra parte, Ibaraki es la que tiene mayor espacio cultivable con el 30%, seguido por Chiba con 27.3%. Tokyo y Kochi son los que tienen apenas un 4.3%.

Y el área urbano habitable es del 4.7% del total de la superficie, aunque si tomamos la superficie urbana con más de 5.000 habitantes de población se puede decir que apenas en un espacio del 3.24% de superficie está concentrada la mayoría de la población.

Montañas más elevadas:

-Monte Fuji (Fuji-san): 3.776 m. Prefectura de Yamanashi, Shizuoka

-Monte Kita-dake: 3.192 m. Prefectura de Yamanashi.

-Monte Oku-Hotaka-dake: 3.190 m. Prefectura de Nagano, Gifu.

-Monte Yariga-dake: 3.180 m. Prefectura de Nagano

-Monte Higashi-dake: 3.141 m. Prefectura de Shizuoka

Rios más largos (por extensión en km):

-Tone-gawa: 322 km (Pref. de Gunma, Chiba, etc.)

-Ishikari-gawa: 268 km (Pref. de Hokkaido)

-Shinano-gawa: 367 km (Pref. de Nagano, Niigata, etc.)

-Kitakami-gawa: 249 km (Pref. de Iwate, Miyagi)

-Kiso-gawa: 227 km (Pref. de Gifu, Aichi, etc.)

-Tokachi-gawa: 156 km (Pref. de Hokkaido)